La Faculté Libre de Médecine a été créée en 1876 dans le cadre de la loi du 12 juillet 1875 instituant l'enseignement supérieur « libre ». Son histoire est inséparable de celle de l'Université Catholique de Lille, que dès l'origine, ses fondateurs ont voulue complète, avec ses cinq facultés traditionnelles : droit, sciences, lettres, médecine - pharmacie et théologie.

Sa création, oeuvre du Docteur Camille Féron Vrau, n'a été possible que grâce à une convention avec les Hospices de Lille lui attribuant, moyennant finances, l'aile droite de l'hôpital Sainte Eugénie qui deviendra la Charité, pour la formation des étudiants en médecine. S'y ajoutaient une maternité et deux " dispensaires ", Saint Raphaël et Saint Camille, auxquels furent bientôt attachées des cliniques.

Le corps professoral fut recruté à Lille, Paris et surtout Montpellier, qui donne à la Faculté un premier doyen, le Professeur Antoine Béchamp, chimiste réputé. En dépit d’oppositions politiques violentes, la Faculté se développa, recrutant ses élèves dans de nombreuses régions de la France. Elle crée deux sociétés scientifiques et le Journal des Sciences Médicales de Lille, qui sera édité jusqu’en 1978.

En 1882, la Faculté prend en charge une école de sages femmes, hébergée à la Maternité de la Sainte Famille et une école d'infirmiers créée en 1891.

En septembre 1887, le Docteur Feron Vrau a la douleur de perdre son unique fille de 18 ans ; il décide aussitôt d'affecter le montant de sa dot à la construction d'un hôpital pour enfants malades, dont le service médical sera confié à la Faculté Libre. Trois ans plus tard, l'hôpital Saint Antoine est ouvert dans les quartiers pauvres de Wazemmes et de Moulins.

De nouvelles initiatives voient le jour : un cours d'initiation médicale pour les missionnaires et leurs collaborateurs (1926), les Journées médicales de la Faculté Libre, enseignement postuniversitaire (1927) et deux nouveaux périodiques, le Journal de Médecine de Lille (1928) et les Questions médicales d'actualité (1930).

En 1927, s’ouvrent une nouvelle maternité, Sainte Anne, et en 1933, l’hôpital Saint Philibert, avec plusieurs services de spécialités et un vaste plateau de consultations.

Les remous de 1968 et la grande réforme des universités publiques qui s’ensuivit, allaient modifier également le fonctionnement de l'Université Catholique. Celle-ci devint une fédération d'établissements, laissant une plus grande autonomie à ses différentes composantes, y compris aux facultés.

La loi Edgar Faure prévoyant la possibilité pour les universités officielles de passer des conventions avec des établissements publics ou privés, notre Faculté passa avec Lille-Etat un accord reconnaissant notre autonomie pédagogique et acceptant des jurys mixtes pour les examens de nos étudiants. Cette convention est toujours en vigueur. En 1975, la Faculté Libre se voyait attribuer un numerus clausus comme les Facultés de l’Etat.

Au plan hospitalier, les impératifs du développement conduisirent l'Institut Catholique à l'édification d'un nouvel établissement, le Centre Hospitalier Saint Philibert de Lomme (400 lits de médecine, chirurgie et obstétrique) inauguré en avril 1977 et d’une maison de convalescence, Saint Camille.

En 1991, ce fut l'ouverture d'un deuxième ensemble hospitalier de 200 lits à Lille-Moulins, le Centre Hospitalier Saint Vincent de Paul regroupant les lits de l'ancien hôpital de la Charité et ceux de la clinique Saint Raphaël.

En 2002, une restructuration y créait un pôle mère-enfant, par adjonction des lits de l'hôpital Saint Antoine.

Solide terrain de formation pour les étudiants en formation médicale et paramédicale, le Groupe Hospitalier de l'Institut Catholique de Lille (GHICL) est donc formé aujourd'hui de ces deux établissements de 800 lits au total, tandis que la Faculté accueille environ 450 étudiants en première année, un nouvel amphithéâtre a été construit à leur intention.

Application de la réforme Licence Master Doctorat pour la première année de Licence, dénommée Première  Année Commune des Etudes de Santé (PACES)  et en 2011, pour la Licence 2 Formation Générale en  Sciences Médicales.